Drupal gebruikt diverse standaardmappen of -directories om de diverse soorten bestanden in op te slaan. De belangrijkste in Drupal versie 5 zijn:
- files: hierin worden afbeeldingen en andere bestanden geplaatst die bij een node worden geupload;
- includes: deze bevat diverse bestanden die in modules worden gebruikt;
- misc: overige bestanden, zoals door Drupal gebruikte afbeeldingen, javascript en css-bestanden;
- modules: alle Drupal-modules;
- scripts: scripts in diverse talen;
- themes: de verschillende standaard sjablonen van Drupal;
- sites: hierin kan degene die de website bouwt en/of de webmaster alle site-specifieke bestanden zetten, zoals extra module, het/de „settings.php”-bestand(en) met de specifieke instellingen van de (deel-)website of de specifieke instellingen voor een domeinnaam, waaronder de toegang tot de database.